1930年代，以欧洲为中心突然出现的人类之敌“涅洛伊”。能够对抗以通常的兵器难以破坏的涅洛伊的，只有被称作魔女的、拥有特殊魔法力的少女们而已……。1944年9月，在以第501统合战斗航空团“Strike Witches”为中心的联合军活跃之下，高…

第2季的故事是建立在第1季的基础上，并加入了新角色——NDS「强袭魔女 青空的电击战 新队长 奋斗！」的主人公竹井醇子，主人公宫藤芳佳与魔女队的伙伴们再次集结，在Adria海岛上演新的故事。

故事发生在位于东京都中北部的大岛町之中，平凡的十四岁少女一色茜（佐仓绫音 配音）和妹妹一色桃（大龟明日香 配音）一起，同年迈的祖父过着相依为命的生活，虽然日子过得平淡清苦，但一家人在一起，终究充满了快乐。 神秘的敌人忽然来…