本剧讲述超级飞侠与超级宠物们继续乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在山东潍坊，他们帮助小宝成功放飞了巨型章鱼风筝；在菲律宾，他们通过特制音响和扩音设…

超级飞侠第五季整体的基调充满活力与正能量。在延续前四季故事模式优点的同时，第五季还增添了以小爱、多多、米莉、包警长、小青为主的五个飞侠团队的新元素。