突然出现的神祕飞翔体“灾”， 压倒了人类的航空战力。 为了与之对抗而开发的，便是对现有机体进行改造，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它──竟拥有少女的外表。 与鸣谷慧相遇的是闪耀鲜红光辉的战斗…

《游戏王5D’S》以游戏所在时代的数十年后的未来世界为舞台，地点在“童实野町”，讲的是18岁的主角不动游星集齐5龙卡的全新故事！在「5D''S」的时代，十分流行以骑乘型最新决斗盘进行的高速决斗！游星与使用决斗盘和卡片游戏组合的竞技…