心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路…

立志成为第一流的神奇宝贝大师，小智他们依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写着：‘你们是最被看好、最有前途的神奇宝贝训练家，我以最强的神奇宝贝训练家的…

在遥远的大海里有一座岛屿，岛屿茂密的热带森林里有一个快乐村，村里生活着许多善良淳朴的村民。而在森林深处的洞穴里，秘密隐藏着一个邪恶团伙，他们正监视着快乐村的一举一动。以大黑熊黑旋风为首，狐狸阿吉、小狗阿旺组成的“黑风队”…

“精灵宝可梦”（台译“神奇宝贝”）是生活在这个星球上的不可思议的生物。立志成为精灵宝可梦大师的小智和皮卡丘一起踏上了冒险的旅途。在全新的冒险舞台——“合众地区”（台译“合众地方”），小智和皮卡丘邂逅了新的伙伴艾莉丝、天桐…