某个大陆的、某个时代。大陆南北分割的战争结束了，世界走向了和平。在战争中作为军人的薇尔莉特•伊芙加登，怀抱着对她来说无比重要之人留下的“话语”，离开军队来到了大港口城市。踊跃的人群在排列着煤气灯的街道马路上来来往往地穿梭…

为了调查和反抗海迪安,人类组织起了名为"N.I.D.F.",战斗机驾驶员哀羽修他们,就这样被卷入了与海迪安之间的战斗.

经历了多次战争的人类，将大量科技封印。主人与超能力少女——乙HiME的契约模式，成为了各国保护自己的唯一选择。 梦想成为乙HiME的少女西弗露•弗兰在列车上被绑架了。黑夜男子布鲁斯•瓦尔斯与仆人莱娜•尤奈妮亚将少女从恐怖分子手中…

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