第4集:1999年（129~173）
129（136~139） 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★ B 130（140） 竞技场无差别胁迫事件（前篇） 131（141） 竞技场无差别胁迫事件（后篇） 132（142） 魔术爱好者杀人事件（事件篇） K 133（143） 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇） K 134（144） 魔术爱好者杀人事件（解决篇） K 135（145） 消失的凶器搜索事件◆ 136（146） 蓝色古堡探索事件（前篇） 137（147） 蓝色古堡探索事件（后篇） 138（148） 最终播映杀人事件（前篇） 139（149） 最终播映杀人事件（后篇） 140（150） SOS！步美传达的讯息◆ 141（151） 结婚前夕密室事件（前篇） X 142（152） 结婚前夕密室事件（后篇） X 143（153） 疑惑的天体观测◆ 144（154） 上野出发的北斗星3号（前篇） 145（155） 上野出发的北斗星3号（后篇） 146（156） （前篇） 147（157） 本厅刑事恋爱物语（后篇） 148（158） 路上电车紧急刹车事件◆ 149（159） 游乐园高空弹跳事件◆ 150（160） 汽车爆炸事件的真相（前篇）◆ 151（161） 汽车爆炸事件的真相（后篇）◆ 152（162） 神秘老人失踪事件◆ 153（163） 园子危险的夏日物语（前篇） 154（164） 园子危险的夏日物语（后篇） 155（165） 水中钥匙密室事件◆ 156（166） 本厅刑事恋爱物语2（前篇） 157（167） 本厅刑事恋爱物语2（后篇） 158（168） 沉默的环状线◆ 159（169） 诡异的五重塔传说（前篇）◆ 160（170） 诡异的五重塔传说（后篇）◆ 161（171） 流经流水亭的杀机◆ 162（172~173） 飞天密室 工藤新一最初的事件★ S 163（174） 月亮、星星与太阳的秘密（前篇） 164（175） 月亮、星星与太阳的秘密（后篇） 165（176） 少年侦探队消失事件◆ 166（177） 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇） X 167（178） 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇） X 168（179） 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇） X 169（180） 维纳斯之吻◆ 170（181） 黑暗中的死角（前篇） 171（182） 黑暗中的死角（后篇） 172（183） 复活的死亡讯息（前篇） 173（184) 复活的死亡讯息（后篇）
