在红灯区，男妓坎特谋杀了一名令人厌恶的会计师，但他并没有意识到有人目睹了他的谋杀行为，这个目击者就是电话应召女郎利齐。当坎特得知利齐可能会做出对他不利的证明的时候，他就立刻采取行动要使利齐保持沉默。利齐正处于极大地危险之…

故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出…