住在地球花园市的一个平凡女孩“蕾儿”，在因缘之下认识了一位仙子丝黛娜之后，进入魔法仙境的艾菲城学院就读，在那里结交了几位仙子朋友，并共同成立了“神奇仙子”。一开始来自黑云塔学院的三妖后原本主要找神奇仙子麻烦，红山泉学院的…

某日，仙子莱拉从达卡魔王手中逃脱，昏迷在树林边被蕾儿的神奇仙子所救，之后加入神奇仙子并跟着就读艾菲城学院。而三妖后被安置在光圣修道院进行感化教育。达卡魔王入侵光圣修道院带走三妖后并收编，命她们为自己寻找秘笈，好解放自己的…

神奇仙子接受法拉刚达的聘书，以魔法老师的身分回到艾菲城学院。不久四位神秘的巫师闯进艾菲城学院发动攻击，以压倒性优势击败神奇仙子。当他们抓住蕾儿的时候发现蕾儿不是他们的目标，便丢下蕾儿离开。法拉刚达这才告诉神奇仙子那些巫师…

在浩瀚無邊的宇宙某處，女巫和精靈正進行正邪不兩立的對峙戰鬥。在這稱做“仙界”的奇幻世界中，精靈、人類和女巫們都必須為生存而戰。形形色色的精靈和女巫，個個都能展現和本身個性相關的超能力。蕾兒和四個好友所組成的“仙靈組”，誓…