一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，产…

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。 相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，…

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。 相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，…

这是一所男女同校却分班的高中校园，男生一栋，女生一栋，中间隔着一道如同南北韩38度线的走廊，训导主任总是守在中线埋伏，严防男女发生踰矩的行为。学校的生活彷佛一国两制，每到午休或下课时间，男生这一国里，大家狼吞虎咽吃便当，互…

《青春全员集合》是2011全新旗舰综艺，Channel [V]1月24日起每周一至周三晚10点播出。

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。