萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。 相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，…

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。 相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，…

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。