苍穹作战之后已经过了两年。生活看似已经恢复平静，但真壁一骑仍然对与皆城总士的约定念念不忘，相信他总有一天会再度回到龙宫岛。有一天，一艘船舰被打捞上龙宫岛海岸，在船上发现了一名沉睡的少年。没想到这竟是异界体设下的宣战预告…

故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进…