一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，产…

故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团…

萌学园之萌骑士传奇》是一部很特别的魔法偶像剧，也是幼幼台今年开台十周年台庆的大戏，要给观众们一个全新的视觉感受，萌学园是一个魔法学园，每个人都有特别与众不同的魔法，戏里会有很多的特效 也有很精采的感情戏。……

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。 相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，…

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。 相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，…

《萌学园之萌骑士传奇》是一部很特别的魔法偶像剧，也是幼幼台今年开台十周年台庆的大戏，要给观众们一个全新的视觉感受，萌学园是一个魔法学园，每个人都有特别与众不同的魔法，戏里会有很多的特效 也有很精采的感情戏。

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。