太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应。

莎诺是一位高科技的试验品，她是科学家利用人类和外星生物的遗传基因结合而成的新人种，她集结了人类的所有优点和技能和外星生物的智能。但是好景不长，莎诺体内的外星生物基因发生了变化，促使她本能的逃出实验室，寻找人类繁衍下一代，…

整个故事的主角本•坦尼森现在除了使用阿兹米斯给他的新Omnitrix继续保护世界，还遇到新的伙伴入克。格温和凯文因为要去上大学，所以离开贝尔市。这也让本必须面对没有这两位老战友一起战斗的局面。幸好他还有一位新的伙伴战友鲁克。另外…